Karena aktivisme politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang dibatasi tinggal di luar Indonesia mulai dari kelas tiga sekolah dasar. Namun, cinta akan Indonesia, yang ditanamkan oleh orang tuanya dan kakeknya, membawanya memilih Akademi Militer Nasional daripada melanjutkan pendidikan di universitas Amerika top, meskipun prestasi sekolahnya yang tinggi.
Di Jakarta, Prabowo tinggal antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Tempat tinggal kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, terletak di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek dari presiden keempat Indonesia, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, yang dipicu oleh perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak bisa menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, yang menyebabkan pengawasan terhadap rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh badan intelijen.
Pendidikannya berlanjut di American School di London, di mana Prabowo berhasil sebagai kapten tim sepak bola, debat, dan catur, dan menjabat sebagai redaktur majalah sekolah. Tidakewt, saat itu, Prabowo adalah satu-satunya siswa Indonesia di sekolahnya.
